Fue sancionada por Decreto Nro. 326 que en su Art. 1° dice:

Tengase por Bandera Oficial de la Provincia de Misiones al pabellón azul rojo y blanco, el orden de los colores mencionados será, respetando la tradición y uso que ya se hace del emblema.

El rojo en la parte superior, el azul en el medio y el blanco en la banda inferior, su ubicación será transversal. En los fundamentos de la creación se demuestra que todas las banderas que usaron las provincias que formaron parte de la Confederación desde 1811 a 1820 estaban conformadas con los colores azul rojo y blanco.

Que en 1817 ese mismo emblema estuvo al frente de la epopeya del nordeste donde los misioneros defendieron la tierra invadida, librando varias batallas y consagrandose en la memorable batalla de Apóstoles el 2 de Julio de 1817 que mediante esas luchas en defensa del terruño, la Provincia de Misiones pertenece hoy a la República Argentina.